捷克科学院成立于1992年，其前身是捷克斯洛伐克科学院。由59个研究所和5个下属单位组成。其中近1/2是具有大学以上学历的科学家和研究人员。其主要决策机构是科学院全委会，全委会中2/3的成员是各学科的代表，其他代表有大学学者、政府官员和公众人物。    执行机构是科学院理事会，理事长由科学院院长担任。理事会成员由选举产生，每届任期4年。为了对各研究所的工作进行评估，科学院设评审委员会，由其任命评审委员。委员会成员都是来自其它学术机构和各大学的著名科学家，其中一半是国外专家。

    科学院的主要目标是在自然科学、技术科学、社会科学和人文科学等领域进行基础和战略性的应用研究，尤其是学术水平高，又涉及交又学科领域或高度专业化的研究。

    科学院预算由议会批准，主要经费由国家财政拨款。其它经费来源包括科技项目竞争中获益单位按合同提供的支持。

    科学院的研究所也具有教育功能，主要是指导博士论文，同时也提供给年轻学者函授教育和大学进修的机会。

    捷克科学院具有培养研究生的任务，许多理学硕士和博士生在相关研究所从事研究工作并撰写论文。另外，也参与科学院各所的科研工作。研究所与大学的科学家共同指导研究生的工作。

    国际合作研究项目系统地分别通过三种形式的协议渠道受到资助:1)科学院所属研究所同国外的科学院所和研究机构或专业学院的协议;2)捷克科学院同国外对应机构的协议;3)政府间的科技及文化协议。

    1996年，捷克科学院共签署230项协议，其中56项为捷克科学院同其它33个国家的合作伙伴签署的协议。这些协议主要用于支持科技创新研究项目和科学院涉及的新兴学科领域的技术发展项目。另一个有影响的国际合作渠道是通过政府间或非政府间组织的合作。

    捷克科学院也是国际科学院联盟的成员。科学院所属的各研究所和科研小组还分别参加欧盟的各种研究计划，同时也同国家科学技术委员会和全欧科学院密切的合作。